واحدة من أهم المضاعفات الأساسية التي من الممكن أن تنشأ بعد عملية زراعة الشعر هي ألَّا تكون مقدمة الشعر بالشكل الطبيعي. ينبع هذا الأمر من نقص في المهارات اليدوية لمطبق العِلاج. كما ويمكن أن يحصل نزيف بعد العملية. بشكل عام يظهر النزيف عند الأشخاص الذين يستخدمون أدوية مثل الأسبرين ومخففات الدم. كما ويمكن أن يظهر تساقط الشعر في منطقة الحصاد. هذا الأمر يعود لحالته الطبيعية خلال 3-4 أشهر. كما ويمكن أن تظهر شكاوي مثل الحكة في مناطق الزرع بعد العملية. تقل الحكة من خلال الاغتسال اليومي. أما أحد المضاعفات الأكثر شيوعاً التي يمكن أن تتكون بعد عملية زراعة الشعر فهي وذمة الوجه. حيث تتكون بسبب نزول سائل التضخيم (تيمولول) الذي تم استخدامه خلال عملية زراعة الشعر إلى الوجه. نستخدم الأشرطة الحركية الخاصة المستخدمة في العلاج الطبيعي لمنع الوذمة المتكونة في الوجه حيث أننا نادراً ما نواجه هذا النوع من المضاعفات. بالإضافة إلى ذلك وكمضاعفات طويلة الأمد في عملية زراعة الشعر يمكن الحديث عن حالات مثل النخر السطحي. عادة ما يحدث النخر السطحي بسبب خطأ المعالج وهو مرتبط بالاستخدام المفرط للأدرينالين. بشكل عام ، يعتبر التعقيم جيداً إلى حد كبير في عيادات زراعة الشعر لذلك فإن إنتقال العدوى أمرٌ نادر أثناء زراعة الشعر. من الممكن أن تظهر مضاعفات من الحد الأدنى مثل حب الشباب والاحمرار في منطقة الشعر. بالرغم من أن مدة عملية زراعة الشعر تختلف حسب الحاجة، إلا أنها تستغرق حوالي 6-7 ساعات في العادة. وإذا كان يجب أخذ رقعة من اللحية فيمكن أن تزداد هذه الفترة من ساعة إلى ساعتين. بعد عملية زراعة الشعر يخرج المريض مع ضمادات فورية على مؤخرة الرأس. في اليوم التالي يتم إزالة ضمادات العنق. ابتلال هذه الضمادات قليلاً بسبب سائل التضخيم أمر طبيعي. بعد ذلك يتم غسل رأس المريض للمرة الأولى في اليوم الثالث من قبل عيادتنا. غسل الشعر عملية خاصة. لذلك فهناك حاجة إلى الرغوات والمواد الهلامية (الجل). يتم تقديم هذه المواد للمرضى في عيادتنا. حيث يغسل المريض شعره بالرغوة والهلام التي قدمناها له لمدة 10 أيام. وفي نهاية العشرة أيام يحظى المريض بشعر قصير وأنيق تم تنظيفه من القشرة. ومع ذلك فمن الطبيعي أن يتساقط هذا الشعر في الشهر الأول. نسمي هذا الأمر بفترة النوم. حيث ينمو الشعر المتساقط مرة أخرى في الشهر الثالث.